澳洲13家孔子学院面临着联邦政府关于外国代理人注册登记的更严格审查。政府消息人士披露，孔子学院是首批被审查目标，如果政府认定其本该注册但却未依法注册，或将对其进行严惩。
3月12日，悉尼晨锋报证实，澳洲律政部已经给13家孔子学院直接发信，提醒他们外国代理人透明化法律已经生效。这项新法的其中一项措施就是为了打击外国代理人对澳洲的影响和干涉。
孔子学院是中共资助的教育机构，由中共教育部下属的汉办负责，表面上是在世界各地的大学里教授中文、文化和历史。但澳洲前总理特恩布尔的中国问题高级顾问加诺特（John Garnaut）曾表示，孔子学院跟中共统战部有关系，参与海外宣传活动，并被利用来影响所在大学的决策。
针对孔子学院的问题，联邦律政部长波特（Christian Porter）表示，注册是给这些机构提供自己考虑的初步机会。“如果机构或个人没有注册，而（政府）有理由相信其进行的活动需要注册，那么律政部次长会针对其采取一系列行动，包括下达透明化通知和对那些没有遵守新法的（机构或个人）进行可能的惩罚。”他在给悉尼晨锋报的声明中说。
澳洲出台的外国影响力透明化法律是针对那些代表外国势力、通过合法活动来对澳洲施加影响力的机构。
一名政府消息人士对悉尼晨锋报说，孔子学院是外国影响力透明化法律针对的首批目标，如果它们不肯自愿注册，政府很可能会采取进一步措施。第一步，律政部次长可能要求这些机构提供更多信息。如果它们最终被认定为需要注册却没有注册，政府可能会下达强制透明化通知，未能遵守新法者将面临严惩。
目前美国有一百多家孔子学院，是世界上拥有孔子学院最多的国家。美国参议院调查机构近日发布的一份报告指出，“（孔子学院的）中国教师与中共政府签订合同，承诺不会损害中国（中共）的国家利益。这些限制试图输出中共对政治言论的审查，阻止人们讨论潜在的政治敏感话题。”虽然美国大学有机会面试这些教师，但中共在如何选择教师方面几乎没有透明度。
因为学术界、社区和政府对孔子学院的中共背景的担忧，海外一些西方国家的大学陆续关闭了孔子学院。可澳洲仍有13所大学开设这些接受中共资金的孔子学院。
悉尼科技大学知名中国问题专家冯崇义教授对悉尼晨锋报说，孔子学院是中共政府的延伸，其活动受到中共严控。“如果（外国影响力透明化法律）足够严格，对于孔子学院来说肯定是适用的。”
外国代理人注册期限已经于3月10日截止。据澳洲人报报导，目前为止仅有8个个人或公司注册。
开设孔子学院的澳洲大学有：昆士兰科技大学（QUT）、格里菲斯大学（GU）、昆士兰大学（UQ）、新南威尔士大学（UNSW）、纽卡斯尔大学（University of Newcastle）、悉尼大学（University of Sydney）、查尔斯达尔文大学（CDU）、阿德莱德大学（University of Adelaide）、拉筹伯大学（La Trobe University）、皇家墨尔本理工大学（RMIT）、墨尔本大学（University of Melbourne）、维多利亚大学（Victoria University）和西澳大学（UWA）。
